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腫瘤疾病預后模型構建分析

組學測序

腫瘤疾病預后模型構建分析

分析目的

關聯(lián)腫瘤病人生存信息與對應臨床表型、基因表達數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)與病人預后顯著相關的基因表達或者臨床表型,可用于預后模型的構建,然后用GEO獨立數(shù)據(jù)集驗證,qPCR、wb/IHC等驗證。


數(shù)據(jù)來源

TCGA/GEO 數(shù)據(jù)庫的臨床數(shù)據(jù)(預后以及表型)、轉錄組數(shù)據(jù)。


分析方法

基于TCGA/GEO 數(shù)據(jù)庫的組學信息,進行差異基因,并進行富集分析,基于篩選的差異基因進行單因素Cox回歸分析,整理臨床數(shù)據(jù)中對應患者的預后信息,包括總生存時間(Overall survival, OS)、生存狀態(tài)(OS status) 。利用LASSO Cox回歸分析構建預后模型,構建預后特征基因參與的代謝通路,并分析這些基因在癌癥中的突變情況,最后在數(shù)據(jù)集中驗證模型。


分析內容
差異基因分析,每個分析因子的 KM 生存曲線圖以及對應統(tǒng)計、構建預后基因signature顯著性,基因集富集分析篩選目的基因,免疫組化驗證。


分析結果示例圖

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